Fundamento y objetivo: Comparar la adherencia y toxicidad de la pauta de isoniazida durante 6 meses con la pauta de rifampicina y pirazinamida durante 2 meses en pacientes indigentes y marginales con diagnóstico de infección tuberculosa latente, como factores importantes para la adherencia al tratamiento. Pacientes y método: Estudio prospectivo, aleatorizado y controlado. Resultados: Se incluyó a 172 pacientes, de los que 117 (68%) vivían en albergues, 74 (43%) eran inmigrantes, 65 (37,7%) presentaban alcoholismo, 31 (18%) tenían antecedentes de convivencia previa con enfermos tuberculosos, 31 (18%) tenían conversión reciente y 72 (41,8%) presentaban factores de riesgo para hepatotoxicidad. Completó el tratamiento el 61,5% de los pacientes de la pauta con rifampicina y pirazinamida, frente al 28,2% de la pauta con isoniazida (p < 0,001; odds ratio = 5,15 [2,34-11,35] ajustada por situación legal). Completó el tratamiento el 48,4% de los pacientes españoles o extranjeros con papeles, frente al 28,6% de los extranjeros sin papeles (p = 0,044 en el análisis bivariante y p = 0,015; odds ratio = 3,12 [1,24-7,85], en el análisis multivariante ajustado por tipo de tratamiento). Las diferencias de toxicidad no alcanzaron significación estadística (el 2,6% con la pauta de isoniazida frente al 7,7% con la pauta de rifampicina y pirazinamida). Conclusiones: La pauta de rifampicina y pirazinamida durante 2 meses para el tratamiento de infección latente en pacientes indigentes tiene mayor adherencia que la de isoniazida durante 6 meses. En este estudio no se ha podido demostrar diferencias en la toxicidad.