La presente investigación tuvo como objetivo general Determinar el proceso de supervisión y su incidencia en la calidad de la Auditoría de Cumplimiento de la Universidad Nacional del Santa, 2016. El diseño fue no experimental, de corte transversal, de una sola casilla y de nivel cuantitativo. El proceso de supervisión comprendió 6 actividades definidas oficialmente por el ente rector del Sistema Nacional de Control, significando que en la auditoría de obras los porcentajes de procedimientos no supervisados por etapas fueron de 78%, 87% y 79%. Para la auditoría de bienes y servicios fueron de 80%, 88% y 81% constituyendo resultados altamente significativos pues demuestran la alta incidencia en la calidad de la auditoría; este alto grado de procedimientos no supervisados demuestran que la auditoría debe ser replanteada desde el procedimiento de la supervisión al manifestarnos los indicadores la insuficiente supervisión y la incidencia nula en la calidad de la auditoría de cumplimiento, demostrándose que la auditoría no ha coadyuvado a la universidad al cumplimiento de su misión, al logro de sus objetivos y metas institucionales en 2016, no se realizó ninguna auditoría académica y su presupuesto solo demostró una ejecución equivalente al 1.2% en investigación científica. Los procesos de supervisión que debieron aplicarse en las auditorías de cumplimiento en la Universidad Nacional del Santa suman 123, sin embargo, resultado de la investigación se determina que solo se aplicaron 25, y la diferencia mayoritaria de acuerdo a los indicadores de evaluación, significa que la supervisión fue insuficiente y su incidencia fue nula en la calidad de las auditorías en 2016.Palabras clave: supervisión, calidad, auditoría de cumplimiento.