Objetivo: comparar los eventos adversos al aplicar fisioterapia respiratoria convencional y un asistente de tos en pacientes con agudización de enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) o bronquiectasia (BQ), los días de estancia hospitalaria, la eliminación de secreciones bronquiales y la disminución de la disnea. Material y método: estudio prospectivo, aleatorizado y abierto. Cada paciente recibió una sesión diaria de 20 min, 5 días a la semana. El grupo fisioterapia respiratoria convencional realizó varias series de ejercicios de control respiratorio, 10 repeticiones de diafragmáticos de expansión torácica, 5 de la técnica espiratoria forzada y finalizados por la tos dirigida; el grupo asistente de tos, 8 series de 6 ciclos a presiones de 30/-30 cm H2O con 1 s de inspiración, 2 s de espiración, y 2 s de pausa entre ciclos. Resultados: 36 pacientes finalizaron el estudio, 32 hombres y 4 mujeres, 29 ingresados por EPOC y 7 por BQ. No hubo diferencias significativas en el número de complicaciones, tanto graves como leves. Una mujer con BQ en el grupo de fisioterapia respiratoria convencional (5 %) falleció por el avanzado estado de la enfermedad y 3 sujetos EPOC no toleraron el asistente de tos (15 %). No hubo diferencias significativas en los días de estancia hospitalaria ni en la cantidad de esputo eliminado. La disminución de la disnea fue significativa, siendo mayor en fisioterapia respiratoria convencional y EPOC (p = 0,007 para ambos). Conclusiones: son dos técnicas seguras para tratar las agudizaciones de EPOC y BQ porque ningún acontecimiento adverso grave atribuible a su uso ocurrió, en cambio, no disminuyen los días de estancia hospitalaria y no se diferencian en la reducción de la disnea y la eliminación de secreciones