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Se ha señalado la presentación de hipotiroidismo y de la deficiencia en vitamina B12 en el hombre, y en animales experimentales como consecuencia de la exposición repetida al acetonitrilo. El mecanismo por el cual se producen estos efectos tóxicos es poco claro. Esto efectos no se han observado en trabajadores expuestos al acetonitrilo pero probablemente se debe a que no se metaboliza por oxidación para dar cianuro y tiocianato es verosímil que cause un efecto tóxico del mismo tipo.
