Introducción: el ingreso hospitalario por enfermedad aguda supone para determinados ancianos de riesgo una pérdida de autonomía no siempre relacionada con la enfermedad causante de dicha hospitalización. La importancia de este problema en nuestro medio sanitario, y si existen diferencias según el servicio en que se produzca el ingreso, no se conocen suficientemente. Objetivo: estudiar la incidencia de deterioro funcional, factores asociados y diferencias entre los servicios de medicina interna y geriatría, en ancianos hospitalizados por enfermedad aguda. Material y métodos: estudio prospectivo de cohortes. Analizamos las características sociodemográficas, la comorbilidad motivo de ingreso y gravedad, el uso de varias prácticas hospitalarias, la tasa de mortalidad y de pérdida funcional durante el ingreso. Se definió deterioro funcional como la pérdida de autonomía para al menos una de las actividades básicas de la vida diaria, con respecto a la situación previa al ingreso. La influencia del servicio se analizó mediante un modelo de regresión logística múltiple. Resultados: estudiamos a 379 pacientes (140 en el servicio de geriatría [SG] y 239 en medicina interna [MI]). Los pacientes ingresados en SG eran mayores (87 frente a 81,5 años; p < 0,001), había en ellos mayor porcentaje de demencia y alteraciones visuales y eran más dependientes. La proporción de pacientes que permanecían en cama más de 48 h o recibían medicación nocturna era menor en el SG. La incidencia de deterioro funcional fue mayor en MI que en el SG (el 60,2 frente al 48%; p = 0,04), con una estancia hospitalaria similar (7,7 frente a 8,1; p = 0,37). La edad, el síndrome confusional, la ausencia de movilización, el encamamiento > 48 h, el uso de psicofármacos y sujeciones o de medicación nocturna se asociaron a deterioro funcional. En el análisis multivariable, el ingreso en MI se asoció a mayor riesgo de deterioro funcional. Conclusiones: el deterioro funcional durante la hospitalización es frecuente en los pacientes frágiles. Determinados factores asociados con la práctica clínica y, por tanto, modificables se asocian a ese deterioro. El ingreso de estos pacientes en el SG conlleva menor pérdida de autonomía que su ingreso en MI.