Los trastornos funcionales digestivos y el síndrome de intestino irritable, en particular, constituyen una de las causas más habituales de consulta médica y el diagnóstico más frecuente realizado por el especialista de aparato digestivo. A pesar de su elevada prevalencia, la etiología y fisiopatología de los procesos funcionales digestivos no están bien establecidas, y tampoco hay métodos diagnósticos específicos ni opciones terapéuticas claramente eficaces. Por todo ello, estos pacientes experimentan a menudo un deterioro importante de su calidad de vida que condiciona un gasto sanitario creciente. Evidencias recientes indican que la presencia de microinflamación en la mucosa intestinal con hiperplasia mastocitaria podría contribuir al desarrollo y perpetuación de los patrones de hipersensibilidad visceral, dismotilidad y alteraciones de la barrera epitelial que caracterizan al síndrome de intestino irritable. En este artículo revisaremos el papel del eje estrés-mastocito en la modulación de la inflamación de la mucosa intestinal y en la patogenia del síndrome de intestino irritable.