Fundamento y objetivo: Con los flujos inmigratorios se ha elevado la prevalencia de hemoglobinopatías y déficit de glucosa-6-fosfato deshidrogenasa (G6PD) en nuestra población. La probabilidad de encontrar en un individuo más de un defecto del eritrocito es elevada, lo que comporta una mayor heterogeneidad clínica y dificultades diagnósticas. El objetivo de este trabajo ha sido realizar el diagnóstico precoz de la anemia falciforme mediante cribado neonatal, analizar la prevalencia de herencia conjunta de alfatalasemia, déficit de G6PD y hemoglobina S e identificar los genotipos asociados. Pacientes y método: Se ha estudiado a 4.020 recién nacidos (RN) de población de riesgo y autóctona. El cribado neonatal de hemoglobinopatías se realizó mediante cromatografía líquida de alta resolución y el de déficit de G6PD mediante la técnica de la mancha fluorescente. Se analizó molecularmente la asociación entre el gen ßS y alfatalasemia con deleción 3.7 Kb. Finalmente se estableció el genotipo de los casos de déficit de G6PD. Resultados: La prevalencia de anemia falciforme en población de riesgo fue de 1/475 RN, y la de déficit de G6PD, de 1/43 RN en población de riesgo y de 1/527 RN en población autóctona. La hemoglobina S se confirmó mediante ARMS (amplification refractory mutation system). La asociación entre el gen ßS y la alfatalasemia con deleción 3.7 Kb fue de un 32,2%, y entre el gen ßS y el déficit de G6PD, de un 7%. Conclusiones: Se confirma la elevada prevalencia de la anemia falciforme y del déficit de G6PD en población de riesgo, así como la elevada heterogeneidad molecular de ambos defectos. El conocimiento de los genotipos asociados y su relación con la expresión clínica es de gran utilidad para establecer criterios adecuados de diagnóstico y pronóstico.