En el tratamiento de la tromboembolia venosa se distinguen una etapa inicial de tratamiento de la fase aguda y otra posterior de prevención secundaria, dirigida a evitar la recurrencia trombótica. Clásicamente esta prevención secundaria se ha realizado mediante el empleo de anticoagulantes orales. Sin embargo, diversos aspectos del tratamiento anticoagulante oral, como la duración o la intensidad, son motivo de debate. La duración apropiada de dicho tratamiento varía según el riesgo de recurrencia y de complicaciones hemorrágicas de cada paciente. En cuanto a su intensidad, las dosis convencionales parecen ser más eficaces e igual de seguras que dosis reducidas. Por otra parte, las heparinas de bajo peso molecular se presentan como una alternativa para la profilaxis secundaria de la tromboembolia venosa y son el tratamiento de elección en pacientes con cáncer o en embarazadas. Posiblemente, nuevos fármacos antitrombóticos como el idraparinux o el ximelagatrán sean una alternativa en un futuro próximo.