Fundamento y objetivo: La azoospermia y la oligospermia causantes de infertilidad masculina se asocian con deleciones en regiones que contienen secuencias no repetitivas en el brazo largo del cromosoma Y. La caracterización de estas deleciones se realiza mediante reacción en cadena de la polimerasa, aunque varían el número y la localización de las regiones estudiadas dependiendo de los laboratorios. En este estudio nos planteamos analizar la presencia de deleciones en el cromosoma Y de pacientes infértiles empleando dos métodos diferentes. Pacientes y método: Se ha estudiado a 30 pacientes con infertilidad idiopática masculina, siguiendo las recomendaciones de la EMQN (European Molecular Genetics Quality Network) y, en paralelo, con el test Y Chromosome Deletion Detection System® (Promega). Resultados: Hemos detectado deleciones en la región AZF en 4 pacientes (13%). En sólo un caso ambos sistemas la detectaron simultáneamente. Conclusiones: La detección de microdeleciones de las regiones AZF del cromosoma Y presenta problemas metodológicos. Se necesitan más estudios para conseguir un consenso sobre el método más fiable para aplicar este tipo de estudios a los laboratorios clínicos.