Fundamento y objetivo: Comparar en un estudio prospectivo y aleatorizado la efectividad y morbilidad del tratamiento con esfinterotomía quirúrgica y toxina botulínica en la fisura anal crónica. Pacientes y método: Se trató a 80 pacientes con fisura anal crónica mediante esfinterotomía lateral interna cerrada (grupo 1) o esfinterotomía química con la inyección en el esfínter interno de 25 U de toxina botulínica (grupo 2). Resultados: La tasa de curación global a los 3 años fue del 90% en la esfinterotomía cerrada y del 45% con la toxina botulínica (p < 0.001). Encontramos un grupo con factores clínicos (duración de la enfermedad mayor de 12 meses y presencia de hemorroide centinela antes del tratamiento) asociados a mayor tasa de recurrencia. La tasa final de incontinencia fue del 5% en la esfinterotomía quirúrgica y del 0% con la toxina botulínica (p > 0.05). Todos los pacientes incontinentes tuvieron una edad superior a 50 años. Conclusiones: Recomendamos la esfinterotomía quirúrgica como la técnica de elección en pacientes con factores de recurrencia. Preferimos la utilización de toxina botulínica en pacientes mayores de 50 años o con factores de riesgo de incontinencia, ya que, a pesar del mayor riesgo de recurrencia, evita el mayor riesgo de incontinencia descrito en la esfinterotomía quirúrgica.