Fundamento y objetivo: Los objetivos de este estudio fueron describir el proceso de implementación de la cohorte PISCIS y las características clinicoepidemiológicas y las tendencias en el tratamiento antirretroviral (TARV) de los pacientes con infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) incluidos desde 1998 hasta 2003. Pacientes y método: Estudio de cohorte prospectivo de pacientes con infección por el VIH de 16 años de edad o mayores atendidos en primera visita en 10 hospitales de Cataluña y uno de las Baleares. El análisis estadístico de las tendencias se realizó mediante el test de la *2 de Mantel. Resultados: Se incluyó a un total de 5.968 pacientes (edad media: 39,5 años; 75% varones) con un tiempo medio de seguimiento de 26,4 meses (13.130 personas-año). Del total, 2.763 fueron nuevos diagnósticos, en los que la vía de transmisión más frecuente fue la heterosexual (43%), seguida de la homosexual (31%). Se observó una tendencia significativamente creciente en la proporción de sujetos de edad inferior a 35 años e inmigrantes. Un 43% tenían una cifra de linfocitos CD4 inferior a 200 células/µl en la determinación más cercana al diagnóstico de la infección por el VIH. Del total, un 87% estaban en TARV en el año 2003. Entre los pacientes no tratados previamente que iniciaron pautas de TARV con 3 o más fármacos, se observó una disminución de las pautas que incluían inhibidores de la proteasa (del 85% en 1998 al 25% en 2003; p < 0,001), mientras que aumentaron otras que contenían inhibidores de la transcriptasa inversa no análogos y análogos de los nucleósidos. Conclusiones: Las cohortes de pacientes con infección por el VIH son viables en nuestro medio y tienen gran utilidad clínica y en salud pública. La vía de transmisión más frecuente entre los nuevos diagnósticos es la heterosexual, el retraso en el diagnóstico es elevado y las pautas de TARV han ido cambiando para adaptarse a las recomendadas por las guías.